Startet man den Server mit dem Flag lower_case_table_name=1, wird man schnell feststellen, dass nichts mehr von den vorigen Programmen funktioniert (zB: Alfresco).
Die Lösung auf die ich gekommen bin ist nicht unbedingt elegant, aber für kleinere "Legacy" Programme durchaus praktikabel:
lower_case_table_name=0 bleibt weiterhin eingestellt, aber für jede Tabelle die irgendwann im Programm in einer anderen Schreibweise als der angelegten verlangt wird, legt man eine View auf diese Tabelle an, die nach genau dieser alternativen Schreibweise benannt wird:
CREATE VIEW tAbLe AS SELECT * FROM Table